Il virus venne isolato per la prima volta nel 1937 nel distretto ugandese West Nile, da cui prende il nome.
Generalmente nei mammiferi l'infezione è asintomatica, nei cavalli però può presentarsi una sintomatologia clinica di tipo neurologico, mentre nell'uomo, molto spesso asintomatica, si manifesta con sintomi lievi aspecifici; in alcuni casi, piuttosto rari, in particolare in persone anziane o con deficit immunitari, si possono presentare forme più gravi, come encefalite o meningoencefalite.
L'uomo e il cavallo sono ospiti finali del west nile virus e pertanto, in caso di uomini o cavalli infetti non esiste il rischio di trasmissione dell'infezione.
Il periodo di incubazione dal momento della puntura della zanzara infetta varia fra 2 e 14 giorni, ma può essere anche di 21 giorni nei soggetti con deficit a carico del sistema immunitario.Normalmente la persona infetta non mostra alcun sintomo; fra i casi sintomatici, circa il 20% mostra i seguenti sintomi leggeri: mal di testa, febbre, nausea, vomito, linfonodi ingrossati, sfoghi cutanei. La letalità della malattia, nelle forme di tipo meningo-encefalitico, può variare tra il 3% ed il 15% (Centrers for Diseases Control and Prevention- CDC - U.S.A.)