Dal 1 dicembre 2008 è consentito viaggiare sui treni con gli animali da affezione, in particolare con cani, gatti e piccoli animali da compagnia.
Più precisamente, i cani di piccola taglia, i gatti e altri piccoli animali da compagnia devono essere custoditi in apposito trasportino di dimensioni non superiori a 70x30x50 e possono viaggiare gratuitamente nella prima e nella seconda classe su tutte le categorie di treni (esclusi ES effettuati con materiale ETR 450). E' ammesso un solo trasportino per ogni viaggiatore.
Ogni singolo viaggiatore inoltre, può portare con sé sul treno un cane di qualsiasi taglia, purché munito di museruola e guinzaglio, tenendo presente le seguenti distinzioni:
sui treni espressi, IC  e ICN sia in prima che in seconda classe;
sui treni Regionali nel vestibolo o piattaforma della carrozza, ad eccezione dell'orario dalle 7 alle 9 del mattino dei giorni feriali dal lunedì a venerdì;
nelle carrozze letto, nelle cuccette ordinarie e comfort e nelle vetture Excelsior ed Excelsior E4 per compartimenti acquistati interamente.
In tutti i predetti casi è necessario acquistare per il cane un biglietto di seconda classe al prezzo previsto per il treno utilizzato e ridotto del 50%.
Il trasporto è ammesso, previa riservazione al momento dell'acquisto del biglietto dell'accompagnatore.
Secondo il regolamento di Trenitalia,  gli animali ammessi nelle carrozze non possono occupare posti destinati ai viaggiatori e qualora arrechino disturbo, l'accompagnatore unitamente all'animale sarà tenuto ad occupare un altro posto su indicazione del personale del treno, ovvero a scendere dal treno.
Il cane guida per non vedenti potrà viaggaire su  tutti i treni gratuitamente.
Infine, l'accompagnatore  dovrà essere in possesso del certificato di iscrizione all'anagrafe canina, o del passaporto, del cane, che dovrà essere esibito al momento dell'acquisto del biglietto per l'animale, ovvero in corso di viaggio se richiesto. In difetto, l'accompagnatore sarà soggetto a penalità e sarà costretto a scendere, unitamente all'animale, alla prima fermata.